QUY TRÌNH ĐĂNG KÝ ƯU ĐÃI THUẾ VÀ NHỮNG ĐIỂM DOANH NGHIỆP CẦN LƯU Ý

Để tận dụng tối đa các chính sách hỗ trợ của Nhà nước thông qua ưu đãi thuế, doanh nghiệp không chỉ cần đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định mà còn phải nắm rõ cách thức đăng ký và tuân thủ đúng quy trình. Việc chuẩn bị kỹ lưỡng và thực hiện đầy đủ thủ tục giúp doanh nghiệp vừa tối ưu chi phí thuế, vừa giảm thiểu rủi ro pháp lý trong quá trình hoạt động.

1. Quy trình đăng ký ưu đãi thuế

Bước 1, nghiên cứu và đối chiếu điều kiện.
Đây là giai đoạn then chốt, đóng vai trò nền tảng trong toàn bộ quy trình. Thực tế, nhiều doanh nghiệp thường chỉ quan tâm đến ưu đãi có lợi ích gì, nhưng lại ít chú ý tới việc liệu mình có thực sự đủ điều kiện hay không. Việc nghiên cứu phải dựa trên hệ thống pháp luật hiện hành, bao gồm Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15, Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 cùng các văn bản hướng dẫn. Trên cơ sở đó, doanh nghiệp cần đối chiếu toàn diện các yếu tố: ngành nghề hoạt động, địa bàn đầu tư, loại hình doanh nghiệp và tính chất dự án. 

Bước 2, chuẩn bị hồ sơ chứng minh.
Điều kiện pháp lý chỉ thực sự có giá trị khi được chứng minh bằng tài liệu. Đây chính là điểm mấu chốt khiến nhiều doanh nghiệp lúng túng. Hồ sơ không đơn thuần là giấy đăng ký kinh doanh hay giấy chứng nhận đầu tư, mà còn bao gồm các văn bản xác nhận ngành nghề ưu đãi, hợp đồng, biên bản nghiệm thu dự án, chứng từ hạch toán riêng cho hoạt động ưu đãi, và cả số liệu doanh thu của năm trước. Một bộ hồ sơ đầy đủ, logic và có tính pháp lý cao sẽ giúp doanh nghiệp không chỉ dễ dàng đăng ký mà còn tạo “lá chắn” trong những lần thanh tra, kiểm tra sau này.

Bước 3, tự xác định và kê khai.
Khác với nhiều thủ tục hành chính khác, ở ưu đãi thuế, doanh nghiệp có trách nhiệm tự tính toán và tự kê khai phần thu nhập được hưởng ưu đãi. Đây là điểm vừa tạo thuận lợi (doanh nghiệp chủ động) vừa tiềm ẩn rủi ro (nếu tính toán sai). Việc kê khai sai, dù vô ý, cũng có thể dẫn tới truy thu, xử phạt và tính tiền chậm nộp. Bởi vậy, tính chính xác và trung thực trong kê khai là yếu tố sống còn. Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp chọn cách thuê chuyên gia hoặc đơn vị tư vấn thuế để hạn chế tối đa sai sót, coi đây là khoản đầu tư an toàn thay vì chi phí phát sinh.

Bước 4, lưu trữ hồ sơ.
Pháp luật về thuế quy định rõ trách nhiệm lưu trữ, nhưng không ít doanh nghiệp xem nhẹ. Trên thực tế, hồ sơ lưu trữ không chỉ để “đối phó” với cơ quan thuế, mà còn là bằng chứng pháp lý bảo vệ quyền lợi doanh nghiệp. Khi xảy ra tranh chấp hoặc cơ quan thuế nghi ngờ tính hợp pháp của ưu đãi, doanh nghiệp chỉ có thể khẳng định lập luận của mình bằng chính những tài liệu đã lưu giữ. Do đó, việc thiết lập hệ thống lưu trữ khoa học, phân loại theo từng dự án và theo năm tài chính, có thể coi là “bảo hiểm pháp lý” cho hoạt động hưởng ưu đãi.

2. Lưu ý quan trọng & khuyến nghị

Chủ động tìm hiểu: Thường xuyên nghiên cứu các quy định mới về ưu đãi thuế, nghị định và thông tư hướng dẫn, tránh bỏ lỡ chính sách. Bộ phận chuyên trách nên định kỳ rà soát văn bản pháp luật.

Duy trì điều kiện ưu đãi: Doanh nghiệp cần đảm bảo duy trì liên tục các điều kiện đã đăng ký (ngành nghề, quy mô, địa điểm). Sai phạm nhỏ cũng có thể dẫn đến mất ưu đãi, phải hoàn thuế hoặc chịu phạt chậm nộp. 

Thực hiện đúng thủ tục: Tuân thủ chặt chẽ về hồ sơ, trình tự và thời hạn kê khai. Một sai sót nhỏ cũng có thể làm doanh nghiệp bị mất quyền lợi ưu đãi.

Hạch toán tách bạch: Nếu vừa có hoạt động được ưu đãi vừa có hoạt động không được ưu đãi, doanh nghiệp cần hạch toán riêng biệt doanh thu và chi phí để xác định chính xác phần thu nhập chịu thuế được ưu đãi.

Xem xét điều khoản chuyển tiếp: Với doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi theo luật cũ, cần nghiên cứu kỹ các quy định chuyển tiếp để xác định việc tiếp tục hoặc chuyển sang ưu đãi theo luật mới.

Tham vấn chuyên gia: Khi có quy định mới hoặc còn điểm chưa rõ ràng, doanh nghiệp nên tham khảo ý kiến của luật sư, chuyên gia tư vấn thuế để tránh sai sót và tối ưu hóa lợi ích.